Решил сам. В файле WINCE600/PLATFORM/iMX28-EVK-PDK1_9/SRC/BOOTLOADER/COMMON/display.c сделал следующее:
1. Закомментировал следующие строчки, идущие за #define ACTIVATE_BACKLIGHT:
//#ifdef BSP_UTK
//#define LCD_EBOOT_480_272
//#else
//#define LCD_EBOOT_640_480
//#endif
2. Добавил секцию определений, которую добавил следом:
#define LCD_EBOOT_320_240
#ifdef LCD_EBOOT_320_240
// 3.5 serial panel specific settings
#define DOTCLK_H_ACTIVE 320
#define DOTCLK_H_PULSE_WIDTH 16
#define DOTCLK_HF_PORCH 32
#define DOTCLK_HB_PORCH 32
#define DOTCLK_H_WAIT_CNT DOTCLK_HB_PORCH
#define DOTCLK_H_PERIOD (DOTCLK_HB_PORCH + DOTCLK_HF_PORCH + DOTCLK_H_ACTIVE )
#define DOTCLK_V_ACTIVE 240
#define DOTCLK_V_PULSE_WIDTH 3
#define DOTCLK_VF_PORCH 4
#define DOTCLK_VB_PORCH 15
#define DOTCLK_V_WAIT_CNT DOTCLK_VB_PORCH
#define DOTCLK_V_PERIOD (DOTCLK_VF_PORCH + DOTCLK_VB_PORCH + DOTCLK_V_ACTIVE)
#endif //#ifdef LCD_EBOOT_320_240
3. По умолчанию логотип отображается примерно 2 секунды. Чтобы он отображался до полной загрузки ОС надо в файле WINCE600/PLATFORM/iMX28-EVK-PDK1_9/SRC/BOOTLOADER/EBOOT/Source files/menu.c закомментировать строчку: TurnOffDisplay();
Теперь при загрузке eboot отображает экран логотипа на 3.5' экран TFT вместо VGA экрана.
